ホエールカイザーの警護に当っていた
連合軍が突如、反旗を翻し、クルーを
拘束した。
さらに、暗黒軍の小隊も合流して、
ホエールカイザーを乗っ取った。
実行部隊の中には、ボウイと友情を
育んでいたジギーの姿もあった。

ホエールカイザーを奪回するため、
また、ジギーたちの目的を突き止めるため、
ボウイたちはすぐさま汎用輸送艇
『ハーツクラブ』に乗り込み、後を追った。

ホエールカイザーの目的地―それは、
惑星ゾイドであった。
ホエールカイザーは、惑星ゾイドの辺境、
地球からの移住宇宙船
『Zoic-Noa（ゾイック・ノア）』の船首部分の
残骸が横たわる、液体金属湖の跡地へ降り立った。
ジギーたちの狙いは、Zoic-Noaに搭載された航行システムであった。
しかし、辺境を警備するトラップ遊撃隊と
後を追ってきたボウイたちにより、
反逆部隊は制圧された。

一方その頃、惑星ゾイドの極北上空には、
デザートショアから飛来した、デモンの
移動要塞『暗黒宮殿』の姿があった。
孤島に降り立った暗黒宮殿は、氷床の底に
眠っていた、巨大な金属の塊を引き上げた。
それは、先の大戦で大破したデスザウラーの残骸であった。