数週間に及ぶ航海の末、ホエールカイザーは目的地である惑星『デザートショア』へ
着陸。
ZZ（ズィーズィー）トラッパー隊を始めとする探査チームは、ただちにエネルギー資源の探索を開始した。

ZZトラッパー隊は、探査中に未知の
機械生命体と遭遇した。
そこで捕獲を試み、詳しく分析すると、
驚愕の結果が待ち受けていた。
機械生命体の生体組織からは、
ゾイドと同様に、Zoic-Noa（ゾイック・ノア）のナノマシンが検出されたのだ。
ボウイたちは、この惑星の機械生命体を
『源獣ゾイド』と呼ぶことにした。

ZZトラッパー隊は、ゾイドニュームの
代替エネルギー資源『デスニューム』の
鉱脈を探り当てた。
けれど喜びも束の間、突如、源獣ゾイドに
搭乗した惑星の民が襲ってきた。
彼らは自らを『白の民』と名乗った。
ボウイたちは事情を説明し、デスニュームを供与してくれるよう交渉した。
だがそこへ、デスニュームを収奪すべく、
『暗黒軍』が襲撃してきた。
ボウイたちは白の民と協力して、
暗黒軍を撃退した。

白の民の信頼を得たボウイたちは、山岳地帯にある彼らのコミューンへ招かれた。
民の青年ジギーと親しくなったボウイは、
コミューンの最奥部へと案内された。
するとそこには、驚くべきことに、
Zoic-Noaの機関部が安置されていた。
デザートショアの民は、惑星ゾイドの民と
同じく、事故によって不時着した
Zoic-Noa乗組員の子孫であり、源獣ゾイドもまた、この星の原始金属生命体が
Zoic-Noaに搭載されたナノマシンを取り込んで、独自の進化を遂げた姿だったのだ。