先の大戦は、惑星全土に大きな爪痕を
残していた。
人々の生活とゾイドの
生命維持に必要不可欠なエネルギー資源
『ゾイドニューム』が
大量消費された結果、
今やそれらは枯渇寸前の状況にあった。
連邦政府は、絶滅の危機に瀕したゾイドの生体を維持するため、ゾイドコアの保護と、パーツの交換・適合機能の向上を目的とした『ＺＮＡ(ズィーエヌエー)システム』の完成を急いだ。

新たなエネルギー資源を確保すべく、連邦政府は大型探査船『ホエールカイザー』の建造を進めていた。
探査任務に際しては、完成したばかりのＺＮＡシステムによって生まれ変わった
『ＺＮＡゾイド』の運用が決定した。
竣工したホエールカイザーに、複数の探査チームが乗船。その中には、先の大戦での英雄を父に持つ青年ボウイの所属する
『ZZ(ズィーズィー)トラッパー隊』の姿もあった。

惑星ゾイドの命運という重責と、人々の未来への希望を乗せ、ついにホエールカイザーが出航した。
遥か500万㎞彼方に位置する目的地を
目指して――