舞台は共和国軍首都ネオ・へリックシティ遠く離れた土地「アダマン領域」。
野生ゾイドや険しい自然環境により開拓が進まなかったがゆえの、共和国・帝国どちらの領土でもない空白の地である。

ある時、共和国はアダマン領域で謎の大きなエネルギー反応を観測。
その正体は何なのか、一体何が起きているのか調べるために共和国軍は調査部隊を送り込むことを決定する。

クエストモードでは、ゲーム完全オリジナルのストーリーを楽しみながら、様々なクエストに挑戦しよう！
クエストをクリアすることで、新しいゾイドや改造に使えるパーツをゲットすることができるかもしれないぞ！
このストーリーの主人公はプレイヤー自身、そう！キミだ！
キミが改造したオリジナルの相棒ゾイドと共に、未開の地「アダマン領域」を救い出してくれ！